流石にネタが同じだけあって何もかも似ている。
以下に挙げる事柄は、両アニメに共通する。
少年と、青い石を持った少女の話。
青い石には知られざる力があり、時折それを垣間見せる。
少年は、空を飛ぶことを夢見ており、発明に没頭している。
少女の出生は不明だが、徐々に明らかになっていく。
人間の上に立つ存在、その姫である。
その存在は、同時代の人間を遥かに超える科学をもち
昔に何らかの理由で滅びた人種である。
序盤、青い石をめぐり、少女は強盗に追われる。
少年と合流し、共に冒険が始まる。
いつしかその強盗たちと仲良くなり、仲間となる。
そして石をめぐって更に強大な敵が現れる。
少年少女を助け、一人前とは何かを教える大人が多数登場。
少年と少女は、自分を見つめなおし大人になっていく。
物語は後半。
石は敵に奪い取られてしまう。
敵が、宙に浮く古代の舟（超兵器）を復活させる。動力源は青い石。
敵は自分を神と名乗り、人間に対して見せしめに超破壊攻撃を行う。
最後は、舟の中、「玉座の間」が舞台。
敵と少数で向き合いになり、拳銃で攻撃される。
敵は、主人公たちによる想定外の行動により敗北する。
最終的に舟は粉砕する。
また、全編を通して石が発光し遺跡が機能するときに見える青い模様は
ラピュタのそれと良く似ている。おそらく遺跡のモデルも同じである。
（ナディアの世界の遺跡とは、古代の人が作った都市や兵器である）